FIONA TUNG/THE VARSITY

结构基因组学联盟(The Structural Genomics Consortium ,SGC)在一月创立极端开放科学组织(Extreme Open Science Unit ,EOSU)以鼓励科学合作该举措旨在通过在线分享实验数据和笔记的方法促进交流,使研究透明化。自数据库诞生以来,就一直吸引着来自全球各地的科学家。

结构基因组学联盟研究信息部部长、极端开放科学单位创始人兼多伦多大学(U of T)药理与毒理学副教授马修·沙皮拉博士(Dr. Matthieu Schapira),是受到了蕾切尔·哈丁博士(Dr. Rachel Harding)实验草稿(LabScribbles)博客的启发。哈丁(Harding)作为结构基因组学联盟的一名博士后,过去两年中一直在实验草稿的博客中上传实验笔记,不断地将自己关于亨廷顿(huntingtin)结构——一种与亨廷顿疾病有关的蛋白质的实验进展告知同行科学家们。

目前已有十二位科学家对极端开放科学单位作出了贡献,不久后另有八位将加入其中。

药理与毒理学研究生曼迪普·曼恩(Mandeep Mann)说:“我认为(极端开放科学单位)促进了科学合作,避免了其他人可能已经尝试过的重复试验。我认为它只是把科学界连接在一起,这无疑是伟大的。”

研究的价值之一取决于被接受、被同行研读和被发表所需的时间。根据结构基因组学联盟主管艾兰德·爱德华教授(Professor Aled Edwards)所写:“从实验到发表的平均时间是一到两年,这已经是一位肌萎缩侧索硬化症(ALS)患者平均寿命的67%。”

(数据)快速公开,可能带动实验结果的输出和利用率的增长。

生物研究十四代(bioRxiv)科学家在期刊发表论文前获得反馈资源其上传到数据库的手稿数量已经有所增加。近期,生物研究十四代发布了斯坦福大学(Stanford University)研究员的研究,此研究发现了基因组编辑工具CRISPRCas9可能对人类无效虽然这项研究仍待被同行评议,允许全世界同行的科学家们基于这些结果探讨基因编辑技术的注意事项

不同于在期刊上发表的文献,发表前缺乏传统的同行评议步骤的高速处理过程,可能会带来一些对于研究和现有研究结果质量担忧。

然而,哈丁澄清:“这不是具有法律效力的同行评议数据,这只是一本公开的实验记录,并且它需要从不同角度被研读。”

在2016年,丹·龙根博士(Dr. Dan Longo)和杰弗利·竺森博士(Dr. Jeffrey Drazen)在新英格兰医学期刊(The New England Journal of Medicine)的一篇社论中提出了关于“研究寄生虫”的顾虑。

“很明显,对于‘是否有人浏览且未经同意就在自己的研究中使用发表(我的数据)’有所保留”, 曼恩说。“我认为这种风险肯定存在的,但这本身也是一个实验。”

沙皮拉希望与“公开实验记录“有关的风险,因为被发表的数据仍处于实验初期。他和哈丁把公开发表的概念看作是联系同领域专家的一个机会,从更大的人群中得到直接的见解和不同的观点会促进现有的研究和潜在的医学治疗。

哈丁说:“你可以创造这些微型生态系统,在这里你会与相同领域的其他人一同工作,并且分享早期的数据与资料,然后便可以更快地促进科学进步。”

尽管开放科学合作带来了好处一些科学家仍然对于这种变化持有谨慎态度。沙皮拉认为这种感觉是必要的,因为这不同于生物医疗领域的常规做法。

沙皮拉说:“如果我们保持一种开放的心态并保留一定的辩证思想,实际上就能帮助我们意识到(公开科学)在扩展人脉、与同行联系、产生新的合作和在快速发展中带给我们真正的机会。”


翻译/Tranlate: 万春潇/Chunxiao Wan

校对/Proof: 侯霖/Lin Hou

终校/Final Read: 刘卓颖/Zhuoying Liu